El equipo permaneció en Segunda División 3 temporadas, hasta que en 1993-94 quedó tercero y pudo jugar la promoción de ascenso a Primera División frente al Rayo Vallecano. Tras 2 partidos que acabaron con empate, se tuvo que llegar a un tercero en campo neutral (el Carlos Tartiere en Oviedo) que concluyó con una victoria compostelana por 3 a 1, con goles de Ohen (2) y José. La plantilla titular que logró el ascenso a Primera estaba compuesta por Iru, Modesto II, Tocornal, Modesto I, Bellido, Bodelón, Abadía, Fabiano, Lucas, Ohen y Suso Moure.La derrota le supuso a su contincante, el Rayo un gran contratiempo más el añadido de la salida de su gran estrella y "última" esperanza Hugo Sanchez.

Jugó en la Primera división española cuatro temporadas seguidas, desde 1994 hasta 1998. Tras 7 años de Fernando Santos como entrenador del Compostela, para la temporada 1995-96 el equipo fichó como entrenador a Fernando Vázquez. Ese mismo año el equipo firma su mejor temporada, llegando a ser subcampeón de invierno solo por detrás del Atleti al término de la primera vuelta, y terminando décimo en la que sería su mejor temporada. El equipo se mantuvo tres temporadas más, hasta que terminó en una mala posición en la temporada 1997-98 y descendió a Segunda tras perder en la promoción contra el Villarreal por el valor de los goles fuera de casa (0-0 en El Madrigal y 1-1 en San Lázaro)
Tras el descenso a Segunda división José María Caneda se tomó el descenso como una temporada de transición e intentó que el club volviese a ascender. Para esto no escatimó en gastos, mantuvo gran parte de la plantilla anterior y fichó a otros con mucho nombre, como los internacionales Nando y Radchenko. Sin embargo, el club quedó octavo y las deudas empezaron a hacerse patentes. Las siguientes temporadas el equipo tendría complicaciones en la tabla y terminó descendiendo a Segunda B. En esa división se volvió a cometer el mismo error de mantener a la plantilla del año pasado con los mismos sueldos, y las deudas del equipo crecieron hasta el punto de tener complicaciones en los pagos. Aun así, el equipo terminó tercero en 2001-2002 y superó en la liguilla de ascenso al Mérida, Valencia B y Barcelona B.
La última temporada del equipo en la élite profesional fue la 2002-03, en la temporada de su regreso a Segunda. El equipo, dirigido por Luis Ángel Duque, terminó noveno a pesar de que los jugadores estuvieron toda la temporada sin cobrar. El impago de las deudas a jugadores se agravó cuando un juez, a falta de 2 días para concluir el plazo de inscripción, determinó que el club debía avalar 13 millones de euros para continuar en ligas profesionales. El propietario Caneda no pagó y el equipo descendió a Segunda B en favor del CD Leganés. Un año después, la marcha de los jugadores que no percibieron las deudas dejó a la plantilla con pocos efectivos en un año en el que incluso el club estuvo a punto de desaparecer. La temporada concluyó con un descenso a Tercera tras acabar penúltimos en su grupo, y un posterior descenso a Regional por impago a sus jugadores. Tras cuatro temporadas en la Preferente Autonómica de Galicia (Grupo Norte), la temporada 2007-08 logró regresar a categoría nacional tras quedar campeón de su grupo.

Desde aquí le deseo toda la suerte del mundo a este gran club, y aprovecho la oportunidad para recordar uno de los momentos más brillantes de los vividos por este club. El momento en el que su presidente se enzarzó en una pelea con el que fuera maximo madatario del Atlético, (Jesús Gil).

Ala, a jugar a pala...